Pondok Pesantren Jamsaren, berdiri pada tahun 1750 M di daerah Kesunana Surakarta pada masa pemerintahan Paku Buwono IV, kala itu sultan PB IV mendatangkan ulama' ke Surakarta yaitu Kyai Jamsari (dari Banyumas) untuk memberikan pelajaran Islam di surau kecil di Kraton Surakarta dan dari sinilah cikal bakal berdirinya pesantren, adapun nama Jamsari di ambil dari nama tempat kampungya Kyai Jamsari.
Pondok Pesantren Jamsaren yang sudah Dua Abad lebih ini, mengalami dua periode dalam sejarahnya. periode pertama pada tahun 1750-1830, dimana peran Pesantren Jamsaren menjadi motor penggerak pengenalan islam terhadap kraton kesunana, disaat adat Hindu-Budha dan aliran animisme masih di pegang teguh oleh masyarakat Surakarta.
Setelah didatangkan Kyai Jamsari dari Banyumas oleh Sunana Paku Buwono IV untuk mengajarkan tentang nilai-nilai islam dan keutamaan mebaca Al-Qur'an di surau yang pada perjalannya berdirilah Pesantren yang menjadi salah satu Pesantren Tertua di pulau jawa, Surakarta dikenal sebagai salah satu bagian penting dalam Islamisasi dijawa,
Terjadinya perlawanan terhadap penjajahan belanda yang dipimpin oleh Pangeran Diponogoro pada tahun 1825 yang di bantu oleh kesunana Paku Buwono IV setelah Belanda menghegomoni kekuasaan di pulau jawa membuat Pesantren ini yang berdekatan dengan kraton menajadi target peperangan oleh Belanda.
Peperangan tersebut berlangsung hampir 5 tahun yang dikenal dengan Pemberontakan Diponogoro, dan mampu membuahkan hasil dengan membuat Belanda mengajak menghentikan peperangan, pada masa perdamaian antara Diponogoro dan Belanda itulah, tipu muslihat yang direncanakan oleh Belanda dengan mengajak damai dan duduk bersama merupakan salah satu kecurangan yang mampu menangkap pemimpin Pageran Diponogoro dan Kesunana Paku Buwono IV.
pada saat itulha, Surakarta pada saat itu mengalami kekelaman dalam sejarah, sehingga terjadinya kefakuman pemerintah setelah pasukan Belanda menguasai dan menghancurkan kraton kesunan termasuk Pesantren Jamsaren selama 50 tahun lebih.
Periode kedua dirintisnya kembali Pesantren Jamsaren pada tahun 1878 M oleh keturunan pembantu pangeran Diponogoro dan berusaha membangun kembali dengan membuat bangunan Musholla ditempat Jamsanren pernah berkibar dalam panji-panji islam di surakarta, bertempat di Jl. Veteran 263 Serengan Solo/Surakarta.
ditempat inilah, pengenalan Pesantren tertua dan dunia Santri menentramkan kalbu, mengiringi suara alunan nada Gamelan dan para dalang memainkan perannya, hiruk pikuk suasana Surakarta dengan kelembutan dan kemajuan pariwisatanya dan menelusuri sepanjang jalan yang sebagian besar mereka kaum bersarung melantunkan kalimat dzikir dan bergegas untuk melaksanakan dunia pendidikannya.